西安医学院药物研究所成立于2009年6月，研究团队有博士10人，硕士41人，主要科研方向：天然药物开发与利用、制剂技术与新剂型的开发研究、合成药物的开发及中药药效、作用机制及药物安全性研究 。建有两个省级中医药科研二级实验室及西安医学院药物研究所－安捷伦科技中医药先进技术合作实验室。

现有高效液相色谱-三重四极杆质谱联用仪（Agilent6460），气相色谱-质谱联用仪（Agilent7890/5975），高效液相色谱、气相色谱及多种药物制剂、药物合成、药效学研究等仪器设备,总值达800余万元。

药物研究所成立以来发表科研论文200余篇，其中SCI、EI 24篇，获批陕西省科技统筹计划项目、陕西省社发攻关科研项目等科研课题50余项，国家自然科学基金4项；申请专利15项，获批6项。

研发了系列保健速溶茶精、五味子护肝片、沙棘抗氧化含片、“通络明目”颗粒、“香参”育发精、美白精华、“热毒清”纳米注射液、复方颠茄颗粒、炉甘石凝胶剂、二藤风湿药酒及医用消泡乳等产品。

药物研究所积极开展多方面合作研究，与西北大学“国家中医药管理局中医药科研实验室（三级）”合作组建了“西安医学院中药化学分析测试中心”， 与安捷伦科技有限公司组建了“中医药先进技术合作实验室”。与中科院西北高原生物研究所及数家医药企业合作开展保健食品及药物项目研发。

西安医学院药物研究所将重点发展天然产物开发利用、药物制剂、药物合成及中药药效学、药物代谢等方向的研究，大力建设产学研平台，推动科研成果市场化。